当清廷严查禁书时， 《天工开物》却通过东亚贸易网传播到了朝鲜半岛和日本。公元1694年，日本本草学家见原益轩在《花谱》和《菜谱》二书的参考书目中首次列举了《天工开物》。公元1771年，日本大阪书商柏原屋佐兵卫（菅王堂主人），以涂本为底本刻印了《天工开物》，即“菅本”，这也是《天工开物》在世界的第一个汉文翻刻本。该版本在1830年重印，时值明治维新初期，发展实业思想盛行，实学派学者佐藤信渊依据宋应星的思想，提出富国济民的“开物之学”。1943年，东京的十一组出版部影印了菅本，并附日本实学家三枝博音的研究论文。1952年，日本京都大学人文科学研究所籔内清将《天工开物》译成为现代日文，由东京恒星出版社出版。1969年，该版本由东京平凡社修订再版，列为“东洋文库丛书”之一。

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